当社の宝物は羽黒本社を始め山内30数ヶ院が明治の神仏分離の際棄却され本尊を始め幾多の貴重な宝物が失われ、現在当館所蔵の多くは旧本坊所有のもののみで重文燈篭棹、重美刀（銘月山）、重文御手洗池出土古銅鏡190面、山伏笈（室町中期）、直江兼続奉納の鉄擬宝珠、最上義光奉納の銅製狛犬、寛政の三山総絵図、芭蕉筆天宥別当追悼句文、羽黒の俳人近藤佐吉宛の芭蕉の書翰などがある。

　また、当館の開館にあたり寄進された中国古鏡303面（先漢鏡10面、前漢鏡20面、隋鏡16面、唐鏡32面、宋鏡以降182面）がある。これは川村コレクションとして有名な川村宗嗣氏が多年中国から蒐集されたもので、周朝（3,000年前）から清朝（780年前）まで各時代の中国鏡を網羅しており、その点では世界に類のない蒐集である。
当社出土の190面の和鏡と対象して古鏡研究家に多大の裨益を与えるであろう。